De huid heeft kleur door pigmentcellen (melanocyten). Bij vitiligo werken deze pigmentcellen niet goed meer. De oorzaak hiervan is waarschijnlijk het eigen afweersysteem.
Dit afweersysteem (immuunsysteem) verdedigt het lichaam onder andere tegen bacteriën. Veel ziekten (auto-immuunziekten) ontstaan door een (tijdelijke) fout van het afweersysteem. Hierbij gaat het afweersysteem vechten tegen cellen van het eigen lichaam, terwijl dit niet moet. Bij vitiligo vecht het afweersysteem tegen de pigmentcellen.
Aanleg speelt een rol. Vitiligo komt wat vaker voor bij verschillende personen binnen één familie. Ook komen auto-immuunziekten vaker in de familie voor van mensen met vitiligo. Voorbeelden zijn schildklierziekten en suikerziekte (diabetes mellitus).